La prima testimonianza su
San Donato in Poggio si trova in una carta redatta nella Badia a Passignano in cui un tale Teudegrimo nel 989 dona dei beni posti in località Elceto e Sparpagliapula nel piviere di Sancti Donati in loco Pocie.
Altre testimonianze risalgono al 1020 in occasione di un'altra donazione e ad un atto del 19 aprile 1038 quando in loco Poci il marchese Bonifacio IV di Toscana conferma all'abate di
San
Miniato al Monte la chiesa di San Pietro a Ema.
Per quanto riguarda il borgo, la prima menzione si trova in un documento del marzo 1090. L'anno seguente metà del borgo venne concessa dall'imperatore Enrico VI al conte Guido da Modigliana della famiglia dei conti Guidi, donazione che nel 1220 venne confermata ai discendenti dall'imperatore Federico II.
Mappa
- San Donato sulla strada regia romana
Nel 1218 il borgo divenne possesso della repubblica di Firenze. Da allora l'importanza strategica del paese aumentò anche grazie al fatto di essere posto sulla
strada regia romana che collegava Firenze con Siena e Roma. San Donato era l'ultimo borgo (o il primo per chi proveniva da sud) di una certa importanza nel territorio fiorentino e qui i viaggiatori cambiavano la propria valuta, perciò i Sandonatesi ebbero sempre un certa importanza nell'Arte del Cambio.
Per due volte, nel 1176 e nel 1265, San Donato fu la sede di trattati di pace tra la repubblica di Firenze e la repubblica di Siena. Nel 1260 qui si radunarono e vennero organizzate le truppe fiorentine in vista della Battaglia di Montaperti. Dopo la battaglia, che ebbe esito infausto per i guelfi fiorentini, il borgo e il territorio circostante vennero saccheggiati dai ghibellini. Il trattato del 1265 si svolse l'ultimo sabato di luglio nella pieve di San Donato e vide presenti Oddo da Cerreto e Jacopo Altoviti per la repubblica di Firenze che firmarono con i loro omologhi senesi una lega di perenne difesa comune tra le due repubbliche. Non durò molto.
All'inizio del XIV secolo San Donato divenne il capoluogo della Lega omonima, guidata da un podestà inviato da Firenze. Nel 1313 durante la permanenza dell'imperatore Arrigo VII nel castello di
San
Casciano, San Donato fu inserito nelle terre considerate ribelli all'impero. Di conseguenza, nonostante fosse già circondato da una cerchia muraria e difeso da una rocca, il borgo venne assediato e preso della truppe imperiali.
Il 23 settembre 1325, giorno della battaglia di Altopascio, diversi cittadini di San Donato vennero fatti prigionieri dai soldati di
Castruccio
Castracani: Luscio Buti, Saraceno Donati, Francesco Dini e Nuto Nuti.
Tra la fine del XIV secolo e la metà del XV le fortune del paese cominciarono a declinare in quanto si cominciò a preferire la via che conduceva a Siena passando per
Tavarnelle e Barberino. Sciolta nel XVIII secolo la Lega divenne parte della comunità di
Barberino Val d'Elsa fino al 1893 quando entrò nel comune di
Tavarnelle Val di
Pesa.
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